El pasado 28 de mayo del 2021 se confirmó la desafiliación del club lojano de la Federación Ecuatoriana de Fútbol (FEF), pero se le otorgó un plazo de un año para solucionar los inconvenientes financieros. Sin embargo, el equipo no pudo certificar la cancelación de las deudas que mantenía, confirmando así su desaparición.

Entre las participaciones más recordadas de Liga de Loja está la Copa Sudamericana en el 2013, cuando llegó a octavos de final. Incluso le ganó a River Plate de Argentina. Además, estuvo cerca de alcanzar a la final del campeonato ecuatoriano en el 2014, disputando la primera etapa con Emelec e Independiente del Valle.